1、卵子发育、成熟、排出障碍
卵巢是卵子发育、成熟、排出的场所，如果卵巢出现囊肿，其病变部位失去相应的功能，导致排卵障碍而出现不孕。相关研究表明，卵巢囊肿较大者患不孕症的比例较高，双侧囊肿患不孕症的比例高，可能均与卵巢更多、更大面积病变，失去了有效的使卵泡发育和排卵的功能相关。
2、激素水平的影响
某些具有内分泌功能的卵巢囊肿，可产生相应的激素，干扰卵巢激素的正常分泌，从而影响卵子的生成和排出，导致不孕。
3、导致卵巢囊肿的相关原因的影响
卵巢囊肿的发生与高胆固醇饮食、电离辐射、化学物质侵害等因素相关，而这些因素亦是影响女性不孕的原因之一，即在同一侵害下产生两种疾病。