促排卵药的原理是通过调节内分泌系统增加怀孕概率。近年临床发现其副作用太大，医生都已尽量避免使用。
这类药物可能引发一些并发症，正常人若服用促排卵药，排卵突然增多，正常人体是很难承受这种变化的，从而还会引发其他并发症的出现，如卵巢囊肿、卵巢破裂、栓塞、电解质紊乱、卵巢过度刺激综合症等，给孕妇带来肝、肾功能衰竭、胸腹水等后果，严重的甚至会导致截肢、休克。
另外服用这种药物有可能会造成多胞胎，最典型的一个病例是八胞胎，就是自行服用促排卵药造成的。
多胞胎会引起妊娠并发症，孕妇妊娠高血压综合症、早产、流产的概率会大大增加，孕妇的心、肝、肾也会超负荷运转。在生产时，大多会出现大出血、DIC(弥漫性血管内凝血)、心功能衰竭甚至休克。
多胎妊娠同时也会增加胎儿畸形的危险。多胞胎婴儿可能会因早产、流产而夭折，同时胎儿畸形的概率大大增加，比如出现各部位的连体。
根据医生们多年临床经验，服用多仔丸等促排卵药物副作用太大，将导致孕妇子宫内膜变薄，不利于胚胎发育，并导致宫颈粘液不好，不利于精子穿透。因此，医生都尽量不给不孕不育患者开多仔丸等促排卵药物，而会首先开些调经、调理卵巢功能等的中成调理药物。
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