1、不良的饮食结构：女性如果长期处于不良的饮食结构中，生活习惯也不科学、社会心理压力过大，以上种种因素都可能使女性的体质过度酸化，从而免疫机能下降，导致出现各种卵巢疾病和内分泌失调，严重的情况下会导致卵巢囊肿。这是常见的卵巢囊肿的病因。
2、遗传因素：多囊卵巢综合症是遗传性疾病，可能是伴性显性遗传方式，也是常见的卵巢囊肿的病因。大多数患者具有正常的46，XX核型。染色体异常者表现为X染色体长臂缺失和X染色体数目及结构异常的嵌合体。
3、高泌乳素：约20%～30%的多囊卵巢综合症患者伴高泌乳素血症，同样属于常见的卵巢囊肿的病因。PRL能刺激肾上腺皮质细胞分泌雄激素，因为肾上腺皮质细胞膜上有PRL受体。