1. 滤泡没有破裂，卵细胞未被释放出来。在这种情况下，滤泡可长的越来越大，变成一个囊肿。这种类型的滤泡可以变的很大。
2. 黄体异常长大，黄体中的腔出血，可使黄体变成一个大的囊肿。
3. 围绕卵细胞的细胞可以自发地发育，导致形成异常的囊肿。这类囊肿有些可以发展成癌。
4. 卵细胞可自身发育（因为它仅含有一半的人类染色体即46的一半23条），从而异常增生，囊肿形成。
5. 卵巢可以发生子宫内膜异位症。可以侵入卵巢组织导致囊肿发生。
一些囊肿可以产生数量异常的激素（雌激素和孕激素），因此能够导致异常月经的发生。子宫内膜的变化是由雌激素和孕激素控制的。
并非所有的囊肿都可导致异常月经的发生。如果它们分泌激素的话，仅仅影响月经周期的变化。同样地，囊肿并不定也影响排卵。
囊肿可造成疼痛，是一个潜在的有害的体征。它们是引起下腹部疼痛（脐下疼痛）的重要原因。腹痛应该立即看诊。