宫颈湿疣容易与以下几种疾病混淆：
1、生殖器鳞癌：多见于40岁以上或老年人，皮损向下浸润，发生溃疡，组织病理有特征性改变。
2、扁平湿疣：为多个湿丘疹融合成片状的皮损，多见于肛周，皮损处可查到梅毒螺旋体，梅毒血清试验呈阳性反应。
3、珍珠状阴茎丘疹病：沿冠状沟排列，针头及粟粒大小的皮色或淡粉红色丘疹。组织病理无凹空细胞。
4、假性湿疣：损害为局限于小阴唇的粟粒大呈鱼卵状淡红色小丘疹或绒毛状改变，皮损表面光滑，醋酸白试验阴性，病理上无具有诊断意义的凹空细胞。
5、鲍温样丘疹病：为棕红色或色素性小丘疹，组织病理可见异型鳞状细胞及类似原位癌的组织象。