巧克力囊肿可以到处粘连，四处流窜，治疗之后又很容易复发。恶性肿瘤的增生、扩散，甚至转移的特点，巧克力囊肿都具备。它除了让女性被痛经所困扰之外，还会引起性交痛、盆腔包块，以及更大麻烦——不孕。
巧克力囊肿的病因尚不确定，目前比较公认的原因是经血逆流。正常情况下，子宫内膜应该生长在子宫腔内。如果子宫内膜的一些碎片随着经血通过输卵管逆流到其他组织，这些内膜碎片虽然脱落却并没有丧失生命力，在到达其他组织后就会像播种一样，在这些组织或器官上扎根、生长。它们受内分泌的控制，会周期性地生长、脱落和出血，由于找不到排血的通道，便在局部一点点地聚集，形成包裹性囊肿。囊肿内含有陈旧的深褐色黏稠性经血，看起来很像巧克力酱，故人们通常把它叫做巧克力囊肿。
巧克力囊肿的治疗非常麻烦。因为巧克力囊肿的形成和发展是在内分泌功能的控制下进行的。只要有卵巢在，女性激素就会继续分泌，异位的内膜就会继续生长，导致囊肿复发。而如果为治疗巧克力囊肿而切除卵巢，无异于杀鸡取卵，使女性生活质量受到极大影响。就治疗而言，一般来说，若囊肿直径小于三四厘米，如果不影响受孕，可进行随诊观察，先妊娠；若囊肿影响妊娠或直径大于四厘米，则应手术。
因巧克力囊肿导致不孕的女性最好在术后的1年内尽快怀孕，否则受孕率会逐渐下降。术后3个月内由于炎症、水肿、术中和术后用药和精神紧张等因素不宜怀孕，以防形成宫外孕的可能。因此，在这3个月内患者需要服用停经的药物，以抑制月经形成，避免给囊肿提供其生成所需的养分，从而巩固治疗效果。3个月后则应尽快受孕，一是此时受孕几率高，二是十月怀胎就等于10个月无月经来潮，也就意味着接受了10个月最自然、最好的治疗。