1、卵巢囊肿的原因与内分泌有关，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢肿瘤多发生于内分泌旺盛的生育年龄。因此，也有人认为卵巢囊肿与内分泌失调有着一定的关系。
2、女性患有卵巢囊肿的原因有很多，如长期的饮食结构、生活作息混乱、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，终致卵巢囊肿，甚至癌变，这些都是卵巢囊肿的原因。
3、环境及生活方式因素与卵巢囊肿的原因也有一定的联系，食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素、家禽等饲料配方饲养中含有瘦肉精类的激素成分。相关研究表明，卵巢囊肿的发病率海域食物中胆固醇含量高低有关。