对于卵巢囊肿的治疗，在中医上也是有很多相关理论支持的，在悠久的历史中，也有不少卵巢囊肿的治疗成功案例。一般认为卵巢囊肿的治疗上，中医治疗效果比较好，也比较彻底。
卵巢囊肿的治疗是从整体入手，疏肝理气，活血化瘀，软坚散结，清热解毒，全面调节内分泌使气面血活，活跃脏腑，经络为本，气血为用。
另外，偏虚寒者加肉桂、炮姜、鹿角胶，偏气虚者加黄芪、党参、白术，偏血虚者加熟地、当归、阿胶，偏痰湿者加云茯苓、苍术、土茯苓进行对卵巢囊肿的治疗。
偏血瘀者对卵巢囊肿的治疗可以加水蛭、地鳖虫、泽兰，偏气郁者加香附、郁金、橘核，偏郁热者加丹皮、黄柏、大黄，偏痛重者加元胡、川楝子、乳香、没药、炮山甲，偏肾虚腰痛者加杜仲、枸杞等。
中药对卵巢囊肿的治疗是一种比较新型的治疗方法，有的女性会认为中药的治疗效果并没有手术的好，其实并不是这样的，无论何种治疗方法，患者都需要根据自己的情况来判断治疗与否。