手术是治疗良性卵巢囊肿的一种有效方法，临床常用术式有以下3种。
1、卵巢囊肿切除术
卵巢囊肿切除术比较适合无月经障碍的患者，有的一侧肿瘤较为明显，甚至有合并妊娠，可及时采取患侧输卵管卵巢囊肿切除手术。需要注意的是，患者术后要按照医生的建议加强护理工作，一般对妊娠无影响。
2、输卵管卵巢切除术
输卵管卵巢切除术一般适合45岁以上局部炎症较重的患者，如卵巢囊肿体积较大，手术应不计切口大小，以完整切除病灶为宜，术中应注意患者的脉搏呼吸和血压变化，必要时可加速输液、输血或输氧，做好各项急救准备。
3、附件及全子宫切除术
近绝经期或处于绝经期的卵巢囊肿患者，如全身症状较为严重而无法胜任其他治疗方法，可考虑附件及全子宫切除手术，但要积极对抗由此引发的内分泌失调现象，防止手术加重患者的更年期病症。