1、子宫内膜种植学说
如月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经输卵管而直至腹腔，使其种植在卵巢和邻近的盆腔腹膜，这些碎片就会继续生长蔓延，最终造成卵巢囊肿的发生，尤其是生殖道有畸形或梗阻的女性较多见此种发病机制。
2、体腔上皮化生学说
女性的生殖系统上皮、卵巢生殖上皮以及盆腔的腹膜、胸膜等处均起源于体腔上皮，如体腔上皮受到炎症、创伤、经血或雌激素过高等因素的不良刺激后，就会化生为子宫内膜样组织，形成卵巢囊肿。
3、免疫学说
女性免疫功能正常的情况下，月经期由输卵管流入腹腔的内膜细胞会被局部免疫系统杀灭，一般对机体不会造成损害，但如局部免疫功能不足或逆流腹腔内的内膜细胞数量过多，就会导致内膜细胞残留，免疫系统无法将其全部杀灭，继而诱发卵巢囊肿。另外，据统计，如女性患有其他免疫系统疾病，如红斑狼疮等，其发生卵巢囊肿的几率较免疫系统正常女性要高出2倍。